中心设指导委员会，由武进区政府分管科技副区长、常州南京大学高新技术研究院分管科研副校长等领导任主任委员，入驻武进的院校技术转移中心等为成员单位。

中心实行指导委员会领导下的主任负责制，由常州南京大学高新技术研究院负责日常管理，武进区政府有关部门协助管理。

常州南京大学高新技术研究院委派人员担任中心主任、常务副主任、副主任，武进科技咨询信息服务中心主任兼任任中心副主任，其余工作人员由其它院校委派，并面向社会公开招聘2-3名。